Le conseil d'école définit la politique générale de l'école. Il définit notamment le programme pédagogique et les orientations de recherche dans le cadre de la politique de l'Université Savoie Mont Blanc, de la stratégie du Réseau Polytech et de la réglementation nationale en vigueur. Il est consulté sur la politique de recrutement.
Le conseil d'école est composé de 39 membres, dont 20 personnalités extérieures à l'école, choisies en fonction de leur rôle dans les domaines industriel, économique, administratif ou scientifique.
Le conseil élit, au sein des personnalités extérieures, celui de ses membres qui est appelé à le présider pour un mandat de trois ans renouvelable.
En novembre 2014, Philippe Geoffroy, Directeur de la Propriété Industrielle et Innovation Technologique de Somfy a été réélu président du conseil d’école de Polytech Annecy-Chambéry.